瓯江实验室重点围绕“组织再生和器官功能康复”重大问题开展源头创新、前沿技术研究并建立公共服务平台，聚焦再生调控科学前沿，重点布局创伤、骨骼、耳鼻喉头颈及运动系统疾病、代谢疾病、生殖障碍和神经退行性疾病等优势领域，开展原创性、探索性、应用性研究，争取取得重大原始发现和技术革新，为再生缺陷或调控异常临床诊治方案的建立提供充分的理论支撑。主要分为五大研究领域：
一、组织器官再生与重塑研究集群（研究中心）
（一）组织再生和修复诊断生物标志物研究。
（二）组织器官损伤与细胞生长因子系统修复基础理论和应用转化研究。
（三）组织微环境和细胞因子调控机制与干细胞再生治疗。
二、眼疾病与视觉功能康复研究集群（研究中心）
（一）视觉科学相关前沿领域研究。
（三）眼组织再生研究。
三、脑疾病与认知功能康复研究集群（研究中心）
（一）认知功能再生与调控研究。
（二）“眼–脑轴”调控机制及潜在应用。
（三）脑科学新技术、新方法、新靶点药物等转化研究。
四、再生医学材料研究集群（研究中心）
（一）硬组织再生材料。
（二）软组织再生材料。
（三）眼科再生材料。
（四）三维仿生组织再生材料构筑。
（五）促移植功能性生物医用材料。
五、高端医疗器械（装备）研究集群（研究中心）
（一）自驱动再生医疗系统。
（二）医用影像系统。
（三）智能医疗系统。
（四）便携医疗系统。
（五）眼科激光诊疗设备。
（六）外骨骼机器人技术装备。
（七）微型生物气体传感系统。
（八）柔性生物微压传感器。
